La JJE cuenta con tres pilares que realizan labores interinstitucionales significativas:  el Comité de Alto Nivel sobre Programas, el Comité de Alto Nivel sobre Gestión y el Grupo de las Naciones Unidas para el Desarrollo (GNUD). Estos organismos se reúnen dos veces al año antes de los encuentros de la JJE para garantizar la incorporación de su trabajo en los debates de la JJE. Estos pilares proporcionan instrucciones y orientaciones a redes, grupos de trabajo y equipos de tareas importantes de cada uno de sus ámbitos de competencias. Los programas se centran en armonizar esfuerzos entre organizaciones, pero también abordan cuestiones nuevas y emergentes que requieren coherencia política, como la crisis financiera y económica mundial y el cambio climático.

Comité de Alto Nivel sobre Programas

El Comité de Alto Nivel sobre Programas promueve la coherencia de las políticas y la cooperación, la coordinación y el intercambio de conocimientos en todo el sistema para componentes estratégicos del programa. Este Comité, a través de sus mecanismos interinstitucionales (ONU-Agua, ONU-Océanos, ONU-Energía y el Grupo de Trabajo sobre el cambio climático del Comité de Alto Nivel sobre Programas), mejora la coherencia al hacer frente a retos de desarrollo urgentes.

Comité de Alto Nivel sobre Gestión

El Comité de Alto Nivel sobre Gestión define y analiza las reformas de gestión administrativa con el fin de mejorar la eficiencia y simplificar las prácticas institucionales. Está formado por administradores de alto nivel de las organizaciones del sistema de las Naciones Unidas que se reúnen dos veces al año. Cuenta con el respaldo de redes de finanzas y presupuestos, recursos humanos, contratación y TIC.

Grupo de las Naciones Unidas para el Desarrollo (GNUD)

El GNUD se encarga de coordinar las actividades operacionales a nivel nacional. Gran parte de sus mandatos proceden de la Revisión amplia de la política relativa a las actividades operacionales del sistema de las Naciones Unidas para el desarrollo, una resolución de la Asamblea General que sirve como importante instrumento para el seguimiento y la evaluación de las actividades de desarrollo de las Naciones Unidas. El GNUD tiene su propio sitio web.