Les travaux interinstitutions de fond sont assurés par les trois piliers du CCS : le Comité de haut niveau sur les programmes, le Comité de haut niveau sur la gestion et le Groupe des Nations Unies pour le développement (GNUD). Ces organes se réunissent deux fois par an avant les réunions du CCS, afin de s'assurer de la prise en considération de leurs travaux dans les discussions du CCS. Ces piliers fournissent une direction et une orientation aux réseaux, groupes de travail et équipes spéciales de fond dans chacun de leur domaine de compétence. Les programmes de travail sont axés sur les efforts d'harmonisation entre les organisations, mais également sur les questions nouvelles et émergentes nécessitant une cohérence des politiques, telles que la crise financière et économique mondiale et les changements climatiques.

Comité de haut niveau sur les programmes

Le Comité de haut niveau sur les programmes favorise la cohérence des politiques, ainsi que la coopération, la coordination et l'échange de connaissances dans les domaines stratégiques du programme au sein de l'ensemble du système. À travers ses mécanismes interinstitutions (ONU-Eau, ONU-Océans et ONU-Énergie et le Groupe de travail du Comité sur les changements climatiques), il renforce la cohérence en relevant des défis de développement urgents.

Comité de haut niveau sur la gestion

Le Comité de haut niveau sur la gestion recense et analyse les réformes de gestion administrative afin d'améliorer l'efficacité des pratiques opérationnelles et de les simplifier. Il est composé d'administrateurs de rang supérieur issus des organisations membres du système des Nations Unies, qui se réunissent deux fois par an. Il est appuyé par les réseaux du domaine budgétaire et financier, des ressources humaines, des achats et de l'informatique.

Groupes des Nations Unies pour le développement (GNUD)

Le GNUD est chargé de coordonner les activités opérationnelles au niveau du pays. Il tire l'essentiel de ses mandats de l'examen quadriennal complet des activités opérationnelles pour le développement du système des Nations Unies, une résolution de l'Assemblée générale qui sert d'instrument important pour le suivi et l'évaluation des opérations de développement des Nations Unies. Le GNUD tient à jour son propre site internet.