Вся оперативная межучрежденческая работа осуществляется тремя профильными органами КСР, которыми являются Комитет высокого уровня по программам (КВУП), Комитет высокого уровня по вопросам управления (КВУУ) и Группа Организации Объединенных Наций по вопросам развития (ГООНВР). Эти органы заседают два раза в год перед заседаниями КСР с целью обеспечения того, чтобы результаты их работы можно было использовать в обсуждениях на уровне КСР. Они определяют направления деятельности и дают руководящие указания оперативным сетям, рабочим группам и целевым группам в сферах их компетенции. Их повестки дня сфокусированы на гармонизации усилий различных организаций, при этом внимание уделяется также новым и назревающим проблемам, требующим согласованности политики, таким, например, как мировой финансово-экономический кризис и изменение климата.

Комитет высокого уровня по программам

Комитет высокого уровня по программам (КВУП) призван добиваться обеспечения согласованности политики, общесистемного взаимодействия, координации усилий и обмена знаниями в стратегических программных областях. На базе своих межучрежденческих механизмов (сетей «ООН –водные ресурсы», «ООН–океаны» и «ООН–энергетика» и своей Рабочей группы по вопросам изменения климата) КВУП стремится повысить слаженность в работе подразделений системы, добиваясь устранения острых проблем в области развития.

Комитет высокого уровня по вопросам управления

Комитет высокого уровня по вопросам управления (КВУУ) определяет и анализирует пути реформирования структур административного управления в целях повышения эффективности и упрощения оперативных процедур. В его состав входят высшие административные руководители организаций-членов системы Организации Объединенных Наций, которые собираются два раза в год. Его обслуживают сети подразделений, занимающиеся вопросами финансов и бюджета, кадровыми вопросами, вопросами закупок и вопросами применения информационно-коммуникационных технологий.

Группа Организации Объединенных Наций по вопросам развития 

Группа Организации Объединенных Наций по вопросам развития (ГООНВР) несет ответственность за обеспечение координации оперативной деятельности на уровне стран. Во многих случаях мандаты ГООНВР вытекают из задач Всеобъемлющего обзора политики в области оперативной деятельности в целях развития в рамках системы Организации Объединенных Наций. Этот обзор проводится на основании соответствующей резолюции Генеральной Ассамблеи и служит важным инструментом мониторинга и оценки эффективности деятельности Организации Объединенных Наций в области развития. ГООНВР имеет свой собственный веб-сайт.