实质性的机构间工作由首协会的三大支柱实施:方案问题高级别委员会(方案高委会)、管理问题高级别委员会(管理高委会)和联合国发展集团(发展集团)。这些机构每年两次会议均在首协会会议前举行,以确保其工作可供首协会讨论。三大支柱向其职责范围内各个领域的实质性网络、工作组和工作队提供方向和指导。各项议程关注协调各组织的努力,但也解决新出现的需要政策协调的新问题,例如全球金融和经济危机以及气候变化。

方案问题高级别委员会(方案高委会)

方案问题高级别委员会负责促进战略方案领域的政策协调和全系统合作、协调和知识共享。通过其机构间机制(联合国水机制、联合国海洋网络、联合国能源机制和方案高委会气候变化工作组),方案高委会提高了在应对紧急发展挑战方面的协调性。

管理问题高级别委员会(管理高委会)

管理问题高级别委员会(管理高委会)负责确认和分析行政管理改革,目的是提高效率,简化业务做法。委员会由联合国系统成员组织的高级行政管理人员组成,他们每年举行一次会议。财务和预算、人力资源、采购和信通技术领域的网络为管理高委会提供支持。

联合国发展集团(发展集团)

发展集团负责协调国家一级的业务活动。发展集团的许多任务源自对联合国系统发展方面业务活动的全面政策审查,这是大会的一项决议,可作为监测和评估联合国发展业务的一个重要工具。发展集团负责维护自己的网站。